BPK Baubau adalah perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) di Kota Baubau yang bertugas untuk melakukan audit keuangan dan memastikan transparansi serta akuntabilitas pengelolaan anggaran di pemerintahan daerah. Sebagai bagian dari BPK RI, BPK Baubau memiliki peran strategis dalam memeriksa dan mengevaluasi laporan keuangan pemerintah daerah, serta memberikan rekomendasi untuk perbaikan tata kelola pemerintahan.
Visi BPK Baubau adalah mewujudkan tata kelola pemerintahan yang bersih, transparan, dan akuntabel, dengan misi untuk mendukung peningkatan efisiensi dan efektivitas pengelolaan keuangan daerah, serta mengedepankan pelayanan publik yang berkualitas. BPK Baubau berkomitmen untuk menjaga integritas dalam melaksanakan tugas pengawasan keuangan demi kemajuan dan kesejahteraan masyarakat Kota Baubau.