Sejarah BPK Baubau tidak tercatat secara rinci di sumber-sumber publik yang mudah diakses. Namun, sebagai perwakilan dari Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) Republik Indonesia, BPK Baubau didirikan untuk mendukung fungsi pengawasan dan audit keuangan di tingkat daerah. Sejak dibentuk, BPK Baubau memiliki peran penting dalam memastikan pengelolaan anggaran dan sumber daya keuangan daerah di Kota Baubau berjalan dengan transparan, efisien, dan akuntabel.
BPK Baubau bertanggung jawab melakukan pemeriksaan terhadap laporan keuangan pemerintahan daerah dan memberikan rekomendasi untuk perbaikan. Sebagai bagian dari upaya penguatan tata kelola pemerintahan daerah, BPK Baubau terus berupaya mendukung pengembangan dan kemajuan daerah dengan memastikan pengelolaan keuangan yang sesuai dengan prinsip-prinsip good governance.